Dans une petite ville paisible de Kyushu, Suzume décide de suivre un homme qui voyage dans les montagnes, elle découvre une unique porte délabrée trônant au milieu des ruines, seul vestige ayant survécu au passage du temps. Cédant à une inexplicable impulsion, Suzume tourne la poignée, et d'autres portes s'ouvrent alors aux quatre coins du Japon, laissant entrer les catastrophes qu'elles renferment. L'homme est formel : toute porte ouverte doit être fermée. De l’autre côté se trouvent les étoiles, le crépuscule et l'aube, une voûte céleste où tous les temps se confondent. Guidée par des portes nimbées de mystère, Suzume entame un périple en vue de toutes les refermer.